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後醍醐天皇は、大覚寺統の後宇多天皇の第二皇子。生母は内大臣花山院師継の養女、談天門院・藤原忠子（実父は参議五辻忠継）。
正応元年11月2日（1288年11月26日）に誕生し、乾元元年（1302年）に親王宣下。嘉元2年（1304年）に大宰帥となり、帥宮（そちのみや）といわれた。

徳治3年（1308年）に持明院統の花園天皇の皇太子に立ち、文保2年2月26日（1318年3月29日）に同天皇からの譲位によって践祚、3月29日（4月30日）に31歳という壮齢にて即位します。

即位後3年間は父の後宇多法皇が院政を行った。大覚寺統内部では当初より後醍醐天皇は傍流、中継ぎとして認識されており、その即位は兄後二条天皇の遺児である皇太子邦良親王成人までという条件付のものであlりました。この中継ぎという立場から後醍醐天皇の子孫への皇位継承、後醍醐天皇自身の治天の君就任は想定されておらず、後醍醐天皇は不満を募らせてゆきます。
それが、その裁定を下した鎌倉幕府への反感へとつながってゆくのでした。

正中元年（1324年）、後醍醐天皇の鎌倉幕府打倒計画が発覚して六波羅探題が後醍醐の側近日野資朝らを処分する正中の変が起
こります。しかしこの変では、幕府は天皇には何の処分もしなかったのです。

元弘元年（1331年）、再度の倒幕計画が側近吉田定房の密告により発覚し身辺に危険が迫ったため急遽動座を決断、三種の神器を持って御所を脱出した上で挙兵し笠置山（現・京都府相楽郡笠置町内）に篭城しますが、圧倒的な兵力を擁した幕府軍の前に落城して捕らえられます。これが元弘の変。

天皇は翌元弘2年/正慶元年（1332年）隠岐島に流罪となり、幕府は邦良親王の次に予定されていた持明院統の光厳天皇を替わりに即位させます。この時期、後醍醐の皇子護良親王、河内国の楠木正成、播磨国の赤松則村（円心）ら反幕勢力（悪党）が各地で活動していました。このような情勢の中、後醍醐は元弘3年/正慶2年（1333年）、名和長年ら名和一族の働きで隠岐島から脱出し、伯耆国船上山（現・鳥取県東伯郡琴浦町内）で挙兵します。これを追討するため幕府から派遣された足利高氏（尊氏）が天皇方に味方して六波羅探題を攻略。その直後に東国で挙兵した新田義貞は鎌倉を陥落させて北条氏を滅亡させることとなります。

帰京した後醍醐天皇は光厳天皇の皇位を否定し、建武の新政(第二次世界大戦前は建武の中興と表現されていた。)を開始します。
また自分が所属する大覚寺統の嫡流である兄後二条天皇の遺族を皇太子に指名せず本来傍流であったはずの自分の皇子を後継者として指名し、自己の子孫による皇統の独占を企図。

建武2年（1335年）に中先代の乱の鎮圧のため勅状を得ないまま東国に出向いた足利尊氏が、乱の鎮圧に付き従った将士に鎌倉で独自に恩賞を与えるなどして新政から離反します。
後醍醐天皇は新田義貞に尊氏追討を命じ、義貞は箱根・竹ノ下の戦いでは敗れるものの、京都で楠木正成や北畠顕家らと連絡して足利軍を破ります。
尊氏は九州へ落ち延びますが、翌年に九州で体制を立て直し、光厳上皇の院宣を得たのちに再び京都へ迫ります。
楠木正成は後醍醐天皇に尊氏との和睦を進言するが後醍醐帝はこれを退け、義貞と正成に尊氏追討を命じます。
しかし、新田・楠木軍は湊川の戦いで敗北し、正成は討死し義貞は都へ逃れることとなるのです。

足利軍が入京すると後醍醐天皇は比叡山に逃れて抵抗しますが、足利方の和睦の要請に応じて三種の神器を足利方へ渡し、尊氏は持明院統の光明天皇を立て、建武式目を制定して正式に幕府を開きます。
後醍醐天皇は京を脱出し、尊氏に渡した神器は贋物であるとして、吉野（奈良県吉野郡吉野町）の山中にて南朝を開き、ここに京都朝廷（北朝）と吉野朝廷（南朝）が並立する南北朝時代が始まります。

後醍醐天皇は各地に自分の皇子を送って北朝方に対抗させようとしますが、劣勢を覆すことができないまま病に倒れ、延元4年/暦応2年（1339年）8月15日、吉野へ戻っていた義良親王（後村上天皇）に譲位し、翌日、吉野金輪王寺で朝敵討滅・京都奪回を遺言して死去。享年52（満50歳）の生涯でした。

後日談
摂津国の住吉行宮にあった後村上天皇は、南朝方の住吉大社の宮司の津守氏の荘厳浄土寺において後醍醐天皇の大法要を行い、また、夢窓疎石の進言を受けた足利尊氏が、後醍醐天皇の菩提を弔うため造営したのが、京都嵐山の北に位置する天竜寺です。

後醍醐天皇は、延喜の治と称され天皇親政の時代とされた醍醐天皇の治世を理想としていました。
天皇の諡号や追号は通常死後におくられるものでありますが、後醍醐天皇は醍醐天皇にあやかって
生前自ら{後醍醐}の号を定めていました。
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　これを遺諡（いし）といいます。